В Halo Wars 2, Духът на Огъня и неговата екипаж, водени от Капитан Кътър, се изправят пред смъртоносна нова фракция, известна като Изгонените. Техният лидер, безмилостният военачалник Атриокс, е и смъртоносен воин и блестящ военен лидер, който контролира огромна армия. Ключът към победата е да познаваш врага си, но Атриокс е заплаха, за която никой не е подготвен.