"Войната е баща на всичко и цар на всичко; тя показва някои да бъдат богове, други да бъдат хора, някои я прави роби, а други свободни."

Горният откъс е може би един от най-известните на Хераклит и често се интерпретира, сякаш той е някакъв войнствен "куче на войната." Въпреки че е лесно запомнящ се заради поетичната природа на писането му, Хераклит е считан от много хора за афористичен и неясен, което му е дало репутацията на "тъмен" от античността и е допринесло за неговата привлекателност. Въпреки това, истината е по-проста и може би дори по-завладяваща.
Хераклит пише по двоен начин, съзнателно зареждайки думите си с различни слоеве на значение, които трябва да бъдат (и трябва да бъдат) разглеждани като загадки, които се решават предимно експериментално и емпирично. С други думи, неговата истина лежи под повърхността на думите, които използва.
Основните стълбове на мисълта му бяха, че а) хората трябва да познават Логоса (обединяващ, обективен принцип), б) светът постоянно се променя, в) същността на света е вечен огън (огънят символизира непрекъсната промяна), и накрая г) балансът, солидността и хармонията на света се поддържат чрез непрекъснато движение, конкуренция и преплитане на противоположности.

Като се има предвид, че творбите му са оцелели в фрагменти, една първоначална иновация на Хераклит изглежда е въвеждането на човешкия елемент в космологията, иногурирайки в предсократовата космогония антропоцентризма, който щеше да монополизира класическата мисъл. Така, въпреки че източниците го представят като антисоциален характер — и за някои, мизантроп — Хераклит може да е бил първият хуманистичен философ.
Втората му иновация беше, че, въпреки че на пръв поглед изглежда като монист (всичко произлиза от един елемент и се състои от вариации на него, който в неговия случай е огън), Хераклит радикално променя своя генериращ елемент: "от огън, първата промяна е море; и от море, половината е суша, а другата половина е огнено течение" — тоест, промените на огъня първоначално са в море (не общо вода), а от море, половината е суша, другата половина е огнено течение (ураган, вихър). Следователно, огънят на Хераклит може качествено да се трансформира в каквото и да е, и всичко може да бъде превърнато в огън ("обменът на огън е всичко и огън е всичко").

Връщайки се към откъса за войната, следователно, Хераклит очевидно не означава въоръжен конфликт, а палиндромна или ретроградна хармония (теза-анти-теза-синтез), тоест конкурентни, противоположни сили, които действат едновременно, за да произведат балансирана и хармонична работа, както се случва на вибриращата струна на музикален инструмент, за да произведе звук.

В епоха, когато демонстративното разсъждение все още беше в начален стадий, Хераклит използва общоприети емпирични примери. И неговото влияние се простира от съвременниците му до нашите дни; особено в нашите дни.

В заключение, Хераклит не се чете, не се изучава и не се философства; той се живее.