Metal Gear Solid Rising: Revengeance се развива три години след Guns of the Patriots. Войната вече не е бизнес за PMCs, или поне така казват хората.

Въпреки това, новата технология Cyborg, която се разпространява от САЩ, нарушава баланса и насилието отново раздира крехкия мир. Войникът киборг Raiden трябва да се изправи срещу най-силния си враг досега.

Атаки от армията на киборгите на Desperado Enforcements предизвикват сблъсък, и по време на битката, Raiden губи лявото си око и лявата си ръка.

• Изминаха три години от колапса на системата на Patriots, която тайно контролира глобалния баланс на силите от сенките. И все пак, мирът остава неуловим.
• Разпространението на технологията киборги предизвиква нестабилност и конфликти, тъй като тези, които контролират търговията, придобиват все по-голяма сила.
• Големите "Частни армии" или PMCs, поддържани и контролирани от Patriots, се сринаха, отстъпвайки място на безброй паравоенни единици, произлизащи от по-големи организации.

• С обновена броня и по-мощни части на киборг, Raiden атакува териториите на враговете, за да се бори с Desperado и да отмъсти за своята чест.
• Desperado е завладял Абхазия. Компанията на Raiden, Maverick, поема мисия от Русия за възстановяване на страната.
• Тези бунтовнически PMCs, използващи технологията киборги, стават все по-разрушителни, променяйки политиката и властта по своя воля.