Историята започва, когато главният герой, ученик в гимназията, е преместен в Токио след фалшиво обвинение в нападение. По време на изпитателния си период в Академията Shujin, той открива Metaverse, алтернативен свят, който отразява изкривените желания на хората. Заедно с други ученици, които са били несправедливо третирани, той формира групата Phantom Thieves of Hearts, с цел да променят сърцата на корумпирани възрастни чрез нападения в „Palaces“ — психологически версии на реалността.

Изданието Royal добавя Kasumi Yoshizawa, нов герой със собствена история и Persona, както и мистериозния съветник Takuto Maruki. Включва също допълнителен трети семестър, нови подземия, подобрения в геймплея и повече социални дейности. Играта комбинира JRPG битки, социална симулация и психологическо разказване, изследвайки теми като свобода, потисничество и личностно развитие. Смята се за една от най-пълноценните и обичани игри от поредицата Persona