Историята започва в Twinleaf Town, където играчът и неговият приятел започват приключението си с едно от началните покемони (Turtwig, Chimchar или Piplup). Докато пътуват из Sinnoh, те се изправят срещу Team Galactic, организация, която се опитва да използва енергията на покемоните, за да пресъздаде вселената. Техният лидер, Cyrus, планира да използва легендарния Dialga (който контролира времето), за да създаде нов свят без емоции.
Играчът събира значки от зали за битки, се изправя срещу противници, изследва пещери, езера и планини и накрая достига до Pokémon League. След победата над Elite Four и шампиона, играчът може да продължи изследването, да завърши Pokédex и да хване легендарни покемони като Uxie, Mesprit, Azelf, Heatran и Regigigas.