Историята започва веднага след първия турнир Mortal Kombat, когато Лю Канг побеждава Шанг Цунг. Но победата не носи мир, тъй като героите са нападнати от войници на Outworld. Рейдън изпраща Лю Канг и Кунг Лао на мисия да спрат Шао Кан, пътувайки през места като Живата гора, Гробницата на душите и Пустошта. По пътя те се изправят срещу емблематични герои като Скорпион, Съб-Зиро, Рептил и Барака, докато се разкрива, че Шанг Цунг планира да възвърне силата си чрез души.