Чревната микробиота ежедневно се нарушава от множество фактори. Прости ежедневни навици, като пушенето и/или прекомерната консумация на алкохол, влияят негативно върху популациите на полезните микроорганизми в червата.
Храненето е още един определящ фактор, тъй като прекомерната консумация на животински продукти и захар, заедно с ниския прием на растителни фибри, могат да предизвикат дисбаланс в чревната микробиота.
Храненето може също така косвено да повлияе на чревната микробиота чрез количеството антибиотици и пестициди, които достигат до организма чрез храни от животински и растителен произход съответно. Също така, количеството хлор във водата действа отрицателно върху чревната микрофлора.
Голям е интересът, особено през последните години, към въздействието на замърсяването на околната среда и как то влияе върху всички аспекти на здравето, включително и баланса на чревната микробиота.
Накрая, физическото и психическо напрежение (стрес) и напредването на възрастта са още два определящи фактора за популациите на чревната микробиота.
Всички горепосочени фактори могат да създадат условия за дисбиоза в чревната микробиота и да причинят симптоми от страна на гастроинтестиналната система или други нарушения, понякога леки, а понякога по-сериозни.
Приемът на пробиотици за поддържане на чревната микробиота и нормалното функциониране на червата е необходим ежедневно, дори и при липса на явни симптоми.