Сюжетът започва, когато Брус Уейн е затворен в Аркъм Сити, изолирана зона на Готъм, превърната в открит затвор под контрола на професор Хюго Стрейндж. Стрейндж знае истинската самоличност на Батман и планира да активира Протокол 10, план за масово унищожение на затворниците. Междувременно Жокера, отровен от собствената си формула Титан, заразява Батман с кръвта си, принуждавайки го да намери лечение.

Докато Батман разследва, той се изправя срещу много емблематични врагове като Ту-Фейс, Пингвина, Мистър Фрийз, Харли Куин, Ридлър и Ра’с ал Гул. Историята достига своя връх с разкриването на Протокол 10 като план за геноцид и финалната битка с Жокера, който умира, когато лечението е унищожено. Играта завършва с Батман, който носи безжизненото тяло на Жокера извън Аркъм Сити, в една от най-драматичните сцени от поредицата.