Историята следва Алтаир веднага след събитията от първата Assassin's Creed, докато той преследва последните тамплиери, които избягаха от Светите земи, за да намерят убежище на остров Кипър.
Играта използва камера от трето лице и героят може да избира от множество оръжия и изобретения от епохата, които улесняват нещата за вас. Освен това, имате възможност да изберете как искате да убиете противника си. Можете да се биете с него един на един, да го ударите скришом отзад или да го убиете с голи ръце. В същото време, в битките ще имате разнообразие от движения и захвати. Също така имате възможност да се движите тихо, за да избегнете откриването от пазачите, или да бягате, за да избягате от техния поглед.