Историята започва, когато д-р Егман използва силата на Chaos Emeralds, за да освободи Dark Gaia, древно същество, което разрушава планетата на парчета. По време на атаката, Соник се превръща във Въркхог, придобивайки нощни сили с еластични крайници и повишена сила. С помощта на Чип, мистериозно същество, което го придружава, Соник пътува до различни части на света, за да възстанови парчетата на планетата и да се изправи срещу Dark Gaia.

• Дневни нива: Класически Sonic опит с бърза платформа, механика за ускорение и смяна между 3D/2D.

• Нощни нива: Sonic като Werehog участва в битки на ръка, пъзели и изследване, с по-бавен темп и акцент върху силата.