6 март 2035 г. Мотоко Арамаки е ултрамодерен правителствен специалист по мрежова сигурност срещу тероризма, ръководител на изследователския отдел на гигантската мултинационална компания Poseidon Industrial. С частично преодоляване на физическия свят и присъствие във виртуалния свят на мрежите, Мотоко е съставена от множество субекти и идентичности, използвайки дистанционно управлявани протезни хуманоидни заместители по целия свят, за да изследва поредица от странни обстоятелства.