Трансферът от успешната поредица поставя играчите в ролята на динамичния агент на организацията The Company, Том Пакстън, и те са призовани да разкрият тайната на главния герой на телевизионния сериал Майкъл Скофийлд, човек без криминално минало, който изведнъж се оказва виновен за обир на банка.

Чрез сценарий, който следва събитията от първия сезон на Prison Break, играчите ще се внедрят в щатския затвор Fox River, където ще се изправят пред серия от врагове и препятствия, за да съберат уликите, които ще ги доведат до решаването на мистерията.