На сметище в беззаконното селище Скрейпярд, далеч под мистериозния космически град Залем, опозореният кибер-доктор Дайсуке Идо прави странна находка: откъснатата глава на киборг жена, която е загубила всичките си спомени. Той я нарича Алита и я оборудва с мощно ново тяло, Берсеркер. Въпреки че Алита не помни никакви подробности от предишния си живот, момент на отчаяние събужда в нейните нерви легендарното училище по бойни изкуства, известно като Панцер Кунст.