В една сметищна зона в беззаконното селище Скрапярд, далеч под загадъчния космически град Залем, позорният кибер-лекар Дайсуке Идо прави странно откритие: отделената глава на циборг жена, която е загубила всичките си спомени. Той я нарича Алита и я облагодетелства с мощно ново тяло, Берсъркър. Въпреки че Алита не помни нищо от предишния си живот, момент на отчаяние възкресява в нервите й легендарното училище по бойни изкуства, известно като Панцер Кунст. В място, където няма справедливост, освен тази, която хората си създават сами, Алита решава да стане ловец-убиец, преследвайки и унищожавайки тези, които се хранят със слабите. Но може ли да запази човечността си, докато започва да се наслаждава на своята кръвожадност?