Историята на Puzzle Bobble Everybubble! отвежда Буб, Боб, Пеб и Паб до Rainbow Islands, където живее Минирун, мистериозен герой, който прилича на Буб. Един ден Минирун внезапно започва да прави мехури, покривайки целия остров с тях и създавайки проблеми за неговите обитатели.

Време е четирите приятелски дракона да се намесят и да помогнат на Минирун да спре безсмисленото правене на мехури! В това ново приключение, играчите трябва отново да изчистят мехурите в поредица от все по-предизвикателни и забавни нива. За да им помогнат в мисията, играчите ще могат да използват множество предмети и трикове, или да се опитат да се справят сами.