Историята започва с това, че костенурките са се отдалечили една от друга след поражението на Шредър. Леонардо е на мисия в Южна Америка, докато останалите се опитват да намерят своето място в града. Когато древна сила се пробужда и освобождава чудовища в света, костенурките трябва да преодолеят различията си и да си сътрудничат отново. С помощта на Ейприл и Кейси Джоунс, те се изправят срещу индустриалния магнат Макс Уинтърс, който се опитва да използва чудовищата, за да постигне безсмъртие.