Старото добро Flutter Jump, Ground Pound и хвърлянето на яйца от Йоши се завръщат, заедно с нови умения и предизвикателства, които използват възможностите на Nintendo 3DS. Можете да използвате огромни яйца, наречени Mega-Eggs, за да разрушавате блокове и тръби, разкривайки тайни като монети и скрити ключове. Колкото повече неща разрушавате, толкова по-високо се изкачва броячът Mega-Egg, давайки допълнителни животи по време на играта!