Историята на FireRed LeafGreen започва с това, че Грийн е готова да се срещне с родителите си, но те се поглъщат в спирала, създадена от мистериозно Pokémon! Ред и Блу искат да помогнат, но първо трябва да подобрят бойните си умения. След това, Тримата Съкровища на Team Rocket се завръщат с обичайните си планове!

В историята на Emerald, Голд и Кристал са отново тук! Професор Оук изпраща двамата приятели да помогнат за спасяването на Ред, Йелоу, Блу и Грийн - които са превърнати в камък! Но първо, двойката трябва да се бие с ужасно създание, което Арчи, бившият лидер на Team Aqua, желае да създаде, използвайки силите на Wish Pokémon Jirachi!