Райнер Вернер Фасбиндер е роден на 31 май 1945 г. в Бад-Воришофен, Западна Германия. Баща му е лекар, а майка му преводач. След раздялата на родителите си, Фасбиндер остава при майка си, която ще видим по-късно в няколко от филмите на сина си под псевдонима Лило Пембит или Лизелоте Ендер. През 1964 г., малко преди матурата, Фасбиндер напуска училище.