В сметище в беззаконния район на Scrapyard, уважаваният кибер-лекар Daisuke Ido открива нещо странно: отделената глава на жена киборг, която е загубила всичките си спомени. Той я нарича Alita и я снабдява с могъщо ново тяло, наречено Berserker. Макар Alita да не си спомня детайли от предишния си живот, момент на отчаяние събужда в нейните нервни окончания...