Историята започва в Balamb Garden, академия, която обучава наемници, известни като SeeD. Сквал, заедно със Зел, Селфи, Куистис и по-късно Ървайн, поема мисии, за да се изправи срещу заплахата на вещицата Едеа, която контролира империята Галбадия. Докато сюжетът се развива, се разкрива, че Едеа е просто пешка на Ултимеция, вещица от бъдещето, която се опитва да стисне времето и да владее миналото.
Сквал развива дълбока връзка с Риноа Хартъли, бунтарка, която става централна фигура в историята, докато придобива магически сили и се свързва с Ултимеция. Играта изследва теми като самота, съдба, идентичност и емоционално израстване, с кинематографично разказване и впечатляващи катсцени.