Metal Gear Solid V: The Phantom Pain се развива девет години след събитията в MGSV: Ground Zeroes и падането на Mother Base. Snake, известен още като Big Boss, се събужда от деветгодишна кома през 1984 г., на фона на Студената война, когато ядрените оръжия продължават да оформят световна криза. Воден от желание за отмъщение, Snake основава нова частна армия и се връща на бойното поле, за да се изправи срещу сенчестата организация XOF.