Clear Card започва точно там, където спря Cardcaptor Sakura, с Сакура и Сяоран, които започват гимназия. След като Финалното решение е взето, Сакура мисли, че училищният живот ще бъде спокоен, но изведнъж всички нейни карти стават празни! Тайнствената нова сила, която открива, ще промени начина, по който мисли за силите си...