В тази игра Solid Snake изоставя плановете си за пенсиониране и изолация в Аляска, за да предприеме мисия, свързана с трупа на Big Boss. Историята следва мисията за инфилтрация, която по-късно ще стане известна като "инцидентът на Shadow Moses". Не само че е разкрита тайната зад раждането на Solid Snake, но се появява и неговият брат: Liquid Snake, който е роден от същия генетичен материал. Историята за генетиката и незаконните ядрени оръжия беше приветствана от медиите като върховен сценарий за видео игра на 20-ти век, докато играта получи похвали за използването на 3D графиката на Sony PlayStation, за да предостави завладяващо изживяване при инфилтрация. Играта включваше много нови идеи, използвайки вибрационната функция на контролера, както и различни тайни, скрити в опаковката на играта. Това заглавие беше третата игра, издадена в официалната сюжетна линия на серията Metal Gear.

Тази игра изобразява две различни събития: Новият член на FOXHOUND, Райден, се изправя срещу група терористи, които са завзели офшорна база в инцидента Big Shell. Тази игра, издадена за PlayStation 2, представи на играчите героя Райден, който наследи много техники и идеи от Solid Snake. Освен възможността за прицелване от първо лице, играчите имаха достъп и до разнообразие от нови действия, като задържане на врагове и изхвърляне на техните тела. Тя беше характеризирана като "най-добрата игрова система на 21-ви век." По-късно беше издадена окончателна версия на играта, наречена Substance. Това заглавие беше четвъртата игра, издадена в официалната история на серията Metal Gear.

Историята разказва началото на епичната сага. Тя обхваща събитията от Virtuous Mission и Operation Snake Eater, описвайки как човекът с кодово име Naked Snake спечели титлата Big Boss. Докато предишните игри от серията Metal Gear се развиваха в по-градски среди и включваха проникване в сгради, тази игра се развива в неумолима джунгла. Освен скриването в сенките, играчите могат да използват облекла и бойна боя за лице като камуфлаж, за да се сливат със заобикалящата ги среда. Тази система на игра беше разширена в Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. Версия, предлагаща върховното преживяване за оцеляване, наречена Subsistence, беше пусната по-късно. Това заглавие беше петата игра, издадена в официалната история на серията Metal Gear.

Солид Снейк, новобранец в специалните сили на FOXHOUND, е изпратен на първата си мисия по заповед на своя командир, Биг Бос. Неговите заповеди са да проникне в враждебната нация OUTER HEAVEN, където се разработва двукрак танк, способен да изстрелва ядрени ракети от всяка точка на света. Историята обхваща това, което по-късно ще бъде наречено Въстанието в Outer Heaven. Стелт-екшън геймплеят на играта, в който играчите проникват в територии на врага без да бъдат засечени, и нейната твърда обстановка спечелиха критично признание по целия свят. Играта беше призната в Световните рекорди на Гинес като първата конзолна игра, която използва стелт като основна част от геймплея си. Тази новаторска игра беше първата, пусната в официалната история на серията Metal Gear.

В тази игра, Солид Снейк, който е напуснал специалните сили FOXHOUND, иска да се разправи с врага си, Биг Бос. Историята обхваща това, което по-късно стана известно като Занзибарското смущение, повишавайки драмата на серията, като показва причината зад действията на Биг Бос и как войниците са загубили смисъла на своето съществуване. Докато предишната игра се фокусираше основно върху избягването на откриване от врага, това ново допълнение към серията въведе концепцията за звук, където вражеските войници могат да чуят стъпките на Снейк и играчите могат да чукат по стените, за да привлекат вниманието на врага, позволявайки още по-вълнуващ стелт екшън геймплей. Това заглавие беше втората игра, издадена в официалната история на серията Metal Gear.