Тази книга се гради върху една алегория. В "Призракът на операта" -известният мюзикъл- един гениален композитор с деформирано лице дирижира спектаклите от тъмните подземия на Парижката опера. Зрителите се наслаждават на творенията му, но отказват да погледнат лицето му.

Науката, като друго призрачно явление на операта, е творческа сила, която също управлява света от "подземието". Тя обаче се явява в две различни версии: призракът в природата и призракът в нашата култура. Призракът в природата са основните закони - законите на микросвета - които управляват физическия свят от недрата на материята, докато призракът в нашата култура е самата наука като социална институция.

В двете си версии призракът има много необично лице. Законите на микросвета са най-странното, което сме виждали в природата досега, а и лицето на самата наука като социална институция не е по-добре възприето от съвременния човек. Нашите общества възхваляват науката. Те знаят, че именно на нея дължат материалната благосъстояние, което Enjoyват. Но истинското й лице, нейната фундаментална антиконформизъм, духът на здравия скептицизъм, който я характеризира, предпочитат да не виждат. Нека остане по-добре в тъмнината; в подземието.

Тази книга се опитва да помири читателя с тези по-малко познати аспекти на науката, като същевременно подчертава и моралното съдържание, което присъства в научния метод сам по себе си: правото да се съмняваш разумно и задължението да мислиш свободно, признавайки единствено емпиричната реалност като власт.