Stand Alone Complex се развива през 2030 г. в измисления японски град Ню Порт. Историята следва членовете на отдела за обществена безопасност, секция 9, специален оперативен екип, състоящ се от бивши военни офицери и полицейски детективи. Манга разказва за отделни случаи, с които се занимава секция 9, заедно с продължаващо, по-сериозно разследване на серийния убиец и хакер, известен само като The Laughing Man.