Историята на нинджите продължава в тази втора серия с главен герой сина на Наруто, Борото! Наруто беше млад шиноби с неограничен дух и осъществи мечтата си да стане най-големият нинджа в селото си, като лицето му сега украсява паметника на Хокаге. Но това не е неговата история... Нова генерация нинджи се намира в разтърсения свят на нова епоха на нинджи, с самия син на Наруто, Борото, в центъра на събитията! В жестока обрата на съдбата, животите на Борото и Каваки са променени поради неимоверно силно джуцу. Сега, с подпис на предател, Борото е търсен от селото си и тренира с Саске. Но когато Коноха бъде нападната, дойде времето за възрастния Борото да се върне у дома и да покаже колко силен е станал!