Правилата са прости и всеки рунд се състои от 2 стъпки:
- Движение: Премести един от своите работници на съседен квадрат. Можеш да се придвижиш на същото ниво, да се изкачиш едно ниво нагоре или да слезеш надолу с произволен брой нива.
- Строеж: Построй едно ниво на сграда до работника, когото премести. Когато строиш над третото ниво, постави купол, като по този начин изключваш този квадрат от играта.
Как печелиш: Ако някой от твоите работници достигне третото ниво, печелиш играта.
Променливи сили на играчите: Santorini включва уникални божествени и героични сили, които добавят допълнителни нива на стратегия към иначе абстрактната игра. С 40 тематични сили на богове и герои, всяка партия е уникална и коренно променя начина, по който се играе играта.