Историята започва с разказвача, авиатор, чието самолет се поврежда и го принуждава да кацне в пустинята Сахара. Там той среща едно необикновено момче, Малкия принц, който му иска да му нарисува овца.

Чрез техните разговори авиаторът научава историята на новия си приятел. Малкият принц идва от миниатюрна планета, астероида B-612, където единствената му компания е бил цвете, горда и взискателна роза. Неспособен да разбере противоречията на своето цвете, той решава да пътува, за да изследва вселената и да си намери приятели.

По време на пътуването си той посещава още шест планети, всяка обитавана от самотен възрастен, който символизира аспект от абсурда на света на „големите хора“: крал, който управлява нищо, суетен човек, който търси само възхищение, пияница, който пие, за да забрави срама си, бизнесмен, който брои звездите, мислейки, че ги притежава, уличен лампаджия, който безусловно следва заповеди, и географ, който никога не е изследвал света.

Последната му дестинация е Земята. Там той се чувства дълбоко самотен, особено когато открива градина, пълна с хиляди рози, осъзнавайки, че неговата роза не е уникална. Въпреки това срещата му с лисица променя неговата перспектива. Лисицата му преподава стойността на приятелството и любовта чрез концепцията за „опитомяване“. Тя му обяснява, че неговата роза е уникална за него именно заради времето, което е посветил на нея.

В крайна сметка, след като разбира същността на любовта и загубата, Малкият принц решава да се върне на своята планета, за да намери розата си. Той се сбогува с авиатора и позволява на змия да го ухапе (символ на връзката между живота и смъртта), тъй като тялото му е твърде тежко за пътуването обратно. Авиаторът остава с паметта и мъдростта, които малкото момче му е предало, гледайки вече звездите по различен начин.

Книгата е алегория за загубата на детската невинност, критика на света на възрастните и медитация върху истинската същност на нещата, която, както казва лисицата, „важното е невидимо за очите“.