Какво се случва в Ню Йорк, докато Костенурките са разпръснати по света? Опасен прокурор е дошъл на власт и има вражда към мутантите.

Подкрепен от някои мощни благодетели, които имат свои собствени планове за града, той прави всичко възможно да подхранва омраза към мутантите. С отсъствието на TMNT, някой трябва да се намеси и да спре това завземане на властта...