В най-тъмните кътчета на необятното пространство дебне върховното зло. Тъмните сили, водени от бога на разрушението Bacterian, се готвят да започнат масирана атака срещу планетата Gradius.

С неудържима сила тъмните сили заплашват да потопят Вселената в пълномащабна война и пълно унищожение. Тяхното нашествие унищожава защитата на Gradius, докато околните планети падат една след друга като домино. Сега злата ръка на Bacterian достига до сърцето на съпротивата... самата планета Gradius.

За да се изправят срещу надвисналата заплаха, Обединените сили на света на Gradius събират всички свои бойни кораби. Половината формират защитна мрежа, а останалите атакуваща група. Но са по-малко на брой и тъмните сили лесно пробиват тънката им отбранителна линия. Нито един боец не оцелява след клането...

В последен отчаян опит, Обединените сили на Gradius изпращат два боен кораба, които по-рано се считаха за твърде опасни за бойни мисии: междузвездните бойни кораби VIC VIPER. Корабите се издигат към сърцето на мрака, за да се присъединят към битката, която ще определи съдбата на Вселената...