Правилната поддръжка и защита на слънчевите колектори е важна за запазване на функционалността на системата. В случай на отсъствие за дълъг период от време, главно през летните месеци, се препоръчва покриване на слънчевите колектори. Когато не са покрити, съществува риск от натрупване на вода в бойлера, което може да причини прегряване и да наложи обезвъздушаване на затворения кръг, както и допълване на термална течност при завръщане. Ако не е извършена редовната поддръжка, съществува вероятност предпазните клапани на бойлера да не се задействат, с риск от повреда на бойлера.

Освен това, през зимните месеци използването на покривало е необходимо при ниски температури за защита на системата.