Преминаването към 3DS донесе радикални подобрения в графиката, с по-подробни модели на героите и живи цветове, които подчертават зловещата красота на заглавието, докато стереоскопичното триизмерно изобразяване добавя дълбочина на света. Значителните промени в системата за управление на времето и обновеният "Bombers' Notebook" правят проследяването на многобройните странични куестове много по-лесно, позволявайки на играчите да се потопят в личните истории на жителите на Clock Town без излишен стрес. С добавянето на контрол на камерата чрез C-Stick и използването на сензорния екран за бърз достъп до предметите, тази версия се счита за идеалният начин да се изживее най-емоционалното и сюрреалистично приключение от поредицата Zelda.