Платката Mega 2560 може да бъде програмирана с Arduino софтуера (IDE).
ATmega2560 на Mega 2560 идва предварително програмиран с bootloader, който ви позволява да качвате нов код без използването на външен хардуерен програмист. Той комуникира, използвайки оригиналния STK500 протокол.
Можете също така да заобиколите bootloader-а и да програмирате микроконтролера чрез ICSP хедъра (In-Circuit Serial Programming), използвайки Arduino ISP или подобен.