Екипът на Star Fox се завръща триумфално в една от най-големите си мисии с римейка на Star Fox 64 в пълно 3D. Цялата вселена на Star Fox се разширява реалистично в дълбините на екрана на Nintendo 3DS, докато 3D графиката предлага на играча по-ясно възприятие за разстояние и позиция. Това прави играта по-достъпна и интуитивна, позволявайки на играчите да се съсредоточат върху действието. Star Fox 64 3D също така използва двете екрана на системата Nintendo 3DS, с горния екран, показващ 3D геймплея, и долния екран, който изобразява различните герои и техните диалози.