Три години след събитията от God Eater: Възкресение, таинственият червен дъжд предизвиква смъртоносна пандемия, наречена Черна чума. Без известно лекарство, тази чума има 100% смъртност, след като се заразиш.
Членове на Специалното подразделение "Кръв", филиал на организацията Фенрир, са изпратени за помощ и изследване. Вземете контрол над техния най-нов стратег, докато владеете невероятно оръжие, предизвиквате колосални зверове и се сътрудничите с иконичен състав от герои, борещи се за хората в God Eater 2: Яростен взрив.